- Пономарев Дмитрий Сергеевич (Заместитель руководителя отделения по научной работе)
- Шумилов Михаил Алексеевич (Заместитель руководителя по общим вопросам)
- Хабибуллин Рустам Анварович (Заместитель руководителя отделения)
Бывшие руководители:
- Гамкрелидзе Сергей Анатольевич (Директор ИСВЧПЭ РАН 2016 — 2025 гг, Директор ОСВЧПЭ 2025 — 2026 гг)
- Мальцев Петр Павлович (Директор ИСВЧПЭ РАН 2010 — 2016 гг)
- Мокеров Владимир Григорьевич (Директор ИСВЧПЭ 2002 — 2008 гг)